ABSTRAK: Coturnix japonica merupakan puyuh Jepang yang banyak diternakkan di Indonesia
setelah mengalami proses domestikasi. Tujuan dari penelitian adalah untuk mengetahui keragaman
genetik puyuh Jepang (Coturnix japonica) berdasarkan analisis DNA mitokondria gen Cytochrome b.
Penelitian ini menggunakan 12 sampel darah puyuh yang berasal dari dua Village Breeding Center
(VBC) berbeda yang selanjutnya dilakukan isolasi DNA. DNA puyuh diisolasi dari whole blood
dengan mengikuti protokol Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega, USA). Proses amplifikasi DNA dalam penelitian ini menggunakan primer forward dan reverse primer yang didesain
menggunakan software Primer3. Hasil amplifikasi DNA disekuensing dan kemudian dianalisis
menggunakan software MEGA 6.0 dan DNAsp v.5. Sebanyak 21 sekuen digunakan terdiri dari 12
sekuen sampel puyuh dan 9 sekuen pembanding yang diperoleh melalui situs NCBI untuk analisis
pohon filogenetik dan untuk mengevaluasi keragaman genetik puyuh Jepang. Hasil analisis sekuen
menunjukkan bahwa populasi puyuh Jepang dalam penelitian ini memiliki hubungan kekerabatan
dengan Francolinus pintadeanus dan Coturnix chinensis dengan nilai bootstrap 81%. Jarak genetik di
antara puyuh Jepang berkisar 0,000 hingga 0,003. Selain itu, rata-rata jarak genetik puyuh Jepang adalah 0,002 dan rata-rata jarak genetik 21 sekuen adalah 0,067. Nilai Tajima D'test adala -1.35536 pada
sampel puyuh Jepang dan -1,38090 pada seluruh sekuen yang digunakan dalam penelitian ini. Kesimpulan dari penelitian ini adalah puyuh Jepang memiliki keragaman genetik yang rendah berdasarkan
analisis DNA mitokondria gen Cytochrome b yang berarti bahwa puyuh Jepang memiliki tingkat evolusi yang rendah.