Gen Melanocortin-4 Receptor (MC4R) berfungsi sebagai regulator nafsu makan dan kontrol
keseimbangan energi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi single nucleotide
polymorphisms (SNPs) pada gen MC4R dan asosiasinya terhadap sifat pertumbuhan. Materi yang
digunakan pada penelitian ini adalah 198 ekor sapi Madura yang dipelihara di Kabupaten Pamekasan.
Sepasang primer, berupa PF:5'-GTCGGGCGTCTTGTTCATC-3’ dan PR:5'-
GCTTGTGTTTAGCATCGCGT-3 digunakan untuk amplifikasi target gen sepanjang 493 bp. Metode
sequencing digunakaan untuk mendeteksi SNP pada gen MC4R dan metode PCR-RFLP digunakan
untuk identifikasi genotip. Hasil penelitian didapatkan dua SNP yaitu SNP g.1133C>G dan g.1108C>T.
Namun demikian hanya SNP g.1133 C>G yang dianalisis dan SNP tersebut mempunyai pengaruh yang
sangat signifikan (PG gen MC4R terdeteksi merubah
asam amino dari valin menjadi leusin. Berdasarkan hasil penelitian ini, dapat disimpulan bahwa SNP
g.1133C>G pada gen MC4R dapat digunakan sebagai alat seleksi untuk sapi Madura di Kabupaten
Pamekasan berdasarkan sifat tinggi gumba.