Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan keragaman sekuen lengkap DNA mitokondria D-loop
(mtDNA) pada sapi Bali dan Sumba Ongole (SO). Sebanyak 24 sampel darah diperoleh dari sapi Bali
(19 ekor) dan sapi SO (5 ekor), diekstraksi dan kemudian dianalisis untuk mendapatkan sekuen mtDNA
D-loop. Pensejajaran sekuen mtDNA D-loop dilakukan menggunakan metode clustal W. Jarak genetik
dihitung menggunakan metode p-distance, sedangkan pohon genetik dibangun menggunakan metode
Neighbor-Joining (NJ) dengan menggunakan program MEGA 6. Jumlah haplotipe, keragaman haplotipe
(Hd) dan keragaman nukleotida (Pi) dianalisis menggunakan program DnaSP versi 6. Diperoleh sekuen
mtDNA D-loop pada sapi Bali yaitu panjang 921-1119 bp dan sapi SO 913 bp dan masing-masing
memiliki 8 dan 4 haplotipe. Nilai Hd dan Pi sapi Bali masing-masing 0,625 ± 0,139 dan 0,0266 ±
0,0145, sedangkan sapi SO yaitu 0,900 ± 0,1610 dan 0,0064 ± 0,0015. Ditemukan 22 bp nukleotida
berulang pada sapi Bali dengan jumlah ulangan 3-9 kali dengan panjang 66-198 bp di fragmen mtDNA
D-loop. Sekuens berulang tersebut tidak ada pada ternak SO. Jarak genetik dan pohon genetik di daerah
hypervariability (HV-1) mtDNA D-loop (166 bp) menghasilkan kluster yang jelas berbeda antara Bos
javanicus, Bos indicus, dan Bos taurus