Gen KLF3 merupakan salah satu gen potensial untuk dikaji sebagai kandidat marker genetik karena
keterlibatannya dalam berbagai proses biologi seperti proliferasi sel, diferensiasi sel, dan apoptosis.
Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi keragaman gen KLF3 pada sapi FH di Indonesia.
Sebanyak 302 sampel darah sapi FH yang berasal dari Jawa Barat (n=138), Jawa Tengah (n=34), dan
Jawa Timur (n=130) digunakan dalam penelitian ini untuk memperoleh sampel DNA. Analisa sekuen
DNA dilakukan terhadap 9 sampel darah (masing-masing daerah pengambilan sampel diwakili 3
sampel) sebagai tahap awal identifikasi keragaman dan dilanjutkan dengan analisa PCR-RFLP terhadap
seluruh sampel DNA. Terdapat dua SNP pada daerah intron gen KLF3 yaitu SNP g.59607486delC dan
SNP g.59607554A>G. Kejadian SNP g.59607554A>G pada populasi sapi FH dapat dideteksi
menggunakan metode PCR-RFLP menggunakan enzim restriksi HpyCH4IV dan menghasilkan tiga
genotipe gen KLF3 (AA, AG, dan GG) pada populasi sapi FH di Indonesia namun memiliki nilai
heterozigositas yang rendah. Genotipe AA merupakan genotipe yang memiliki frekuensi tertinggi yaitu
sebesar 0.73. Sementara genotipe AG dan GG berturut-turut memiliki frekuensi genotipe sebesar 0,24
dan 0,03. Gen KLF3 pada sapi FH di Indonesia bersifat polimorfik dan dapat dijadikan dasar bagi studi
berikutnya untuk mempelajari hubungannya dengan produksi susu dan kandungan protein susu